Handelt es sich bei Einkommen um Einkünfte aus nichtselbständiger Arbeit wird die Einkommensteuer durch Abzug vom Arbeitslohn erhoben, wobei man dann von Lohnsteuer spricht. Zwar ist der Arbeitnehmer direkter Steuerschuldner, die Lohnsteuer wird dennoch vom Arbeitgeber an die Finanzbehörden abgeführt. Die Jahreslohnsteuer wird gemäß dem Arbeitslohn bemessen und ist dabei abhängig von der jeweiligen Lohnsteuerklasse des Arbeitnehmers, in die er eingestuft ist. Eine weitere Form stellt die Lohnsteuerpauschalierung dar. Da es möglich ist, dass Arbeitnehmer nach dem Grund- oder Splittingtarif besteuert werden oder Arbeitslohn aus unterschiedlichen Beschäftigungsverhältnissen beziehen, ergeben sich daraus diverse lohnsteuerliche Folgen. Dies bedingt die unterschiedlichen Lohnsteuerklassen, denen die einzelnen Arbeitnehmer zugeordnet werden. Diese Zuordnung wird durch die jeweilige Gemeinde getroffen und in die Lohnsteuerkarte eingetragen. Der Arbeitgeber trägt am Jahresende oder dem Ende des Beschäftigungsverhältnisses die geleisteten Arbeitslöhne sowie die abgeführten Beiträge zur Lohnsteuer und Kirchensteuer ein.
Verantwortlich für die exakte Einbehaltung und Abführung der Lohnsteuer an das Finanzamt ist immer der Arbeitgeber. Er ist auch für eventuelle Unkorrektheiten haftbar zu machen. Innerhalb der einzelnen Lohnsteuerklassen werden bereits beim Abzug der Lohnsteuer bestimmte Freibeträge angerechnet. So gilt ab dem Jahre 2005 ein Grundfreibetrag in Höhe von 7664 Euro mit Ausnahme der Steuerklasse III. Hier verdoppelt sich dieser Betrag. Des weiteren besteht ein Arbeitnehmerpauschbetrag von Euro 920, ein Sonderausgaben-Pauschalbetrag von 36 Euro sowie eine vom Bruttolohn abhängige Vorsorgepauschale. Das Besteuerungsverfahren ist jedoch nicht mit dem in der Regel monatlichen Abzug der Lohnsteuer erledigt.
Es kann sich am Jahresende herausstellen, dass der Arbeitnehmer im Lohnsteuerabzugsverfahren mehr oder weniger Lohnsteuer bezahlt hat, als es bei einer Veranlagung zur Einkommensteuer der Fall gewesen wäre. Dies können Gründe sein, wie die Tatsache, dass der Arbeitnehmer nachweislich höhere Werbungskosten und Sonderausgaben hatte, als es die entsprechenden Pauschalbeträge vorsehen. Daneben ist es oftmals der Übergang zur Zusammenveranlagung nach Heirat, der zu zuviel gezahlter Lohnsteuer führen kann. In diesen Fällen ist es teilweise lohnenswert, einen Antrag auf Veranlagung zur Einkommensteuer beim Wohnsitzfinanzamt zu stellen.